ショートポーリングの場合、キュー内のメッセージ数が少ない(1000以下など)場合、
キュー内のメッセージ数で重み付けされたサンプル数のサーバにしか問い合わせにいかないため、
MaxNumberOfMessagesに指定した数より少ないメッセージしか返ってこず、
キュー内のメッセージ数が極めて少ない場合、メッセージが返却されないことがあるため、
繰り返しreceiveMessageを発行する必要がある。

という理解であってるんですかね？

ロングポーリングの場合はどうなんでしょうか？ 次の記述が見つかりました。
どうやらロングポーリングの場合、上記の問題は発生しないようです。

(receiveMessageのWaitTimeSecondsを1以上にすると、ロングポーリングになる)

Lambdaはコンピューティング時間で課金されるため、なるべく「待ち」の時間は減らしたいところですが、ショートポーリングで1,2件づつメッセージを処理するよりは効率が良さそうです。

ロングポーリングを利用する(これは必須。劇的にリクエスト数が改善されます)
ロングポーリングは管理画面から設定できるので簡単。
送信側はバッチリクエストを利用すると良い(SendMessageBatch)
受信側も複数メッセージを一度に受信すると良い(MaxNumberOfMessages)